主要病理改變是脂肪細胞的數目增多、體積增大。若肥胖起病在脂肪細胞數目快速增殖期，即胎兒出生前3個月、出生后第1年和青春期，其病變以脂肪細胞數目增多為主。若肥胖起病在脂肪細胞非快速增殖期，其病變以脂肪細胞體積增大為主。前者比后者治療更困難，且易復發。
肥胖患者對環境溫度變化的應激能力降低，血脂水平增高。男性患者的雄性激素水平可降低，女性患者的雌激素水平可增高。
小兒肥胖可能是成人肥胖癥、高血壓、冠心病、糖尿病的先驅癥。
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