| 學院 | 專業名稱 |
| 閩臺合作項目 | 環境工程(閩臺合作項) |
| 食品科學與工程(閩臺合作項目) | |
| 機械設計制造及其自動化(閩臺合作項目) | |
| 會計學(閩臺合作項目) | |
| 公共事業管理(閩臺合作項目) | |
| 海外學院 | 風景園林(中加合作班) |
| 生態學(中加合作班) | |
| 園藝(中加合作班) | |
| 農業資源與環境(中加合作班) | |
| 作物科學學院 | 農學 |
| 植物科學與技術 | |
| 種子科學與工程 | |
| 植物保護學院 | 植物保護 |
| 制藥工程 | |
| 園藝學院 | 設施農業科學與工程 |
| 園藝 | |
| 林學院 | 林學 |
| 森林保護 | |
| 生態學 | |
| 水土保持與荒漠化防治 | |
| 自然地理與資源環境 | |
| 生命科學學院 | 生物工程 |
| 生物技術 | |
| 生物科學 | |
| 生物科學(生物學基地班) | |
| 生物信息學 | |
| 應用化學 | |
| 藝術學院、園林學院（合署） | 產品設計 |
| 動畫 | |
| 環境設計 | |
| 視覺傳達設計 | |
| 園林 | |
| 城市規劃 | |
| 風景園林 | |
| 動物科學學院 | 動物科學 |
| 動物醫學 | |
| 水產養殖學 | |
| 蜂學學院 | 蜂學 |
| 中藥資源與開發 | |
| 資源與環境學院 | 環境工程 |
| 農業資源與環境 | |
| 空間信息與數字技術 | |
| 土地資源管理 | |
| 食品科學學院 | 食品科學與工程 |
| 食品衛生與營養學 | |
| 食品質量與安全 | |
| 材料工程學院 | 材料科學與工程 |
| 化學工程與工藝 | |
| 木材科學與工程 | |
| 輕化工程 | |
| 新能源科學與工程 | |
| 計算機與信息學院 | 電子信息工程 |
| 計算機科學與技術 | |
| 軟件工程 | |
| 數學與應用數學 | |
| 統計學 | |
| 網絡工程 | |
| 機電工程學院 | 車輛工程 |
| 電氣工程及其自動化 | |
| 電子科學與技術 | |
| 機械設計制造及其自動化 | |
| 農業機械化及其自動化 | |
| 交通與土木工程學院 | 工程管理 |
| 交通運輸類 | |
| 森林工程 | |
| 土木工程 | |
| 物流工程 | |
| 經濟學院（海峽鄉村建設學院） | 國際經濟與貿易 |
| 金融學 | |
| 農村區域發展 | |
| 農林經濟管理 | |
| 管理學院（旅游學院） | 人力資源管理 |
| 文化產業管理 | |
| 工商管理 | |
| 會計學 | |
| 旅游管理 | |
| 安溪茶學院 | 茶學 |
| 管理科學 | |
| 會計學 | |
| 商務經濟學 | |
| 公共管理學院 | 公共事業管理 |
| 行政管理 | |
| 勞動與社會保障 | |
| 文法學院 | 法學 |
| 廣告學 | |
| 英語 | |
| 金山學院（獨立學院） | 金山學院(獨立學院) |
| 東方學院（獨立學院） | 東方學院(獨立學院) |
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