動物科學系是學院的主干教學系部之一。目前設有畜牧獸醫、動物生產、農畜特產品加工（畜產品加工方向）、水產養殖技術4個專業。其中畜牧獸醫專業是學院辦學歷史最悠久的一個專業（早在1958年，學院的前身——青海湟源畜牧學校就開始開設該專業），也是學院的一個具有鮮明地域特色和優勢的標志性品牌專業。1996年該專業被農業部確定為教育教學改革試點專業，2004年又被確定為青海省高職高專教育示范性專業，2007年學院成功入圍到國家百所示范性高等職業院校（“高職211”工程）之列，畜牧獸醫專業是學院中央財政重點支持建設的專業之首。
動物科學系現有畜牧基礎、牛羊生產、豬禽生產、經濟動物生產四個教研室，有動物營養與飼料分析中心、動物繁育、畜產品加工、農牧機械、動物解剖、微生物與傳染病等13個實訓室（部分實訓室與動物醫學系共享）；擁有養殖實訓基地、家畜繁育改良中心、動物醫院（與動物醫學系共享）3個校內生產性實訓基地和青海省種羊場等20 多個校外實習基地，其中3個校內生產性實訓基地目前均為省級示范性生產實訓基地，完全可滿足學生實踐教學和頂崗實習的需要。學院成立的特有工種職業技能鑒定站（農業－119站）和國家職業技能鑒定所（國家－012）可以滿足我系各個專業職業資格鑒定的需要，學生可以獲取“雙證”。
目前有專任教師27人，其中副高以上職稱7人，博士研究生1名，碩士研究生4人，“雙師”素質教師25人；全日制在校學生850多人。
長期以來，動物科學系秉承“專業只為職業，教學只為實戰”的人才培養理念，將學生畢業后能否勝任職業、是否具備實戰能力做為人才培養質量的衡量標準，盡其所有資源，培養高素質技能型人才，使其畢業后成為青藏高原上最出色的精英。基于這一點，動物科學系主動加強與省內外龍頭企業的深度合作，搭建穩固的校企合作平臺，建立校企合作長效機制，并在畜牧獸醫專業創新實施“技能遞進五段式”工學結合人才培養模式，其中基于牛、羊、豬、禽、經濟動物五大養殖方向的專業核心課程實施“理論與實踐一體化”集中教學。該模式的實施帶動了動物生產、獸醫、農畜特產品加工、農機維修等相關專業共同組成的畜牧獸醫專業群協調發展，初步形成了學校與社會、畜牧獸醫行業、企業良性互動的辦學局面。近年來，動物科學系培養的學生供不應求，就業率一直保持在90%以上。
經過不斷建設，該系取得了豐碩的教育教學成果，《農業職業教育能力建設計劃——農業職業教育課程開發研究》榮獲農業部特等獎；《高職牧醫專業能力教育體系改革試驗》和《青藏高原畜牧獸醫專業人才培養模式的改革與實踐》榮獲青海省教育教學成果二等獎；建成《養羊與羊病防治》等精品課程5門，其中《養羊與羊病防治》國家級精品課程的建成填補了青海五所高職院校無國家級精品課程的空白。
2005 年動物科學系被青海省農牧廳評為“廳系統先進集體”，2006 年被授予“全國農牧水利行業科普先進集體”榮譽稱號，2009年被教育部授予“全國教育先進集體”榮譽稱號，同時，畜牧獸醫專業教學團隊在2009年被評為省級教學團隊。
四個專業均實施“理論與實踐一體化”教學，以畜牧獸醫專業為例，五大養殖方向的核心課程，在平行班級實施大輪回集中教學，即在第3學期到第5學期，每門核心課程均安排大體10周時間集中授課（校內一體化教學4周，企業生產實訓6周），期間不安排其它課程，類似于集中培訓。一門課結束后，繼續另一門課程的學習。不同的平行班級，在同一時段，開設的課程不相同，但到第五學期結束時，各個平行班級均完成核心課程教學。
同時，動科系先后與青海民澤龍羊峽生態水殖有限公司和湖北生物科技職業學院、青海三江一力農業有限公司合作，舉辦以企業冠名的《民澤漁業班》、《三江一力班》，其中《民澤漁業班》執行水產養殖技術專業人才培養方案，《三江一力班》執行畜牧獸醫專業人才培養方案，學習期間享受企業相關資助。2個班級的學生完成學業順利畢業后，可通過雙向選擇在上述兩個企業就業，按照正式員工待遇。
《民澤漁業班》采用“1+2”辦學模式，第1學期在本校學習，第2-5學期到湖北生物科技職業學院學習，第6學期回校統一安排頂崗實習。
課程設計及就業方向
動物科學系專業設置
畜牧獸醫專業（專業代碼510301）
人才培養目標：本專業主要培養具備畜牧獸醫專業的基本理論、基本知識和實際操作技能，具有較高的職業素質和良好的職業道德，具備飼料配制、加工及產品營銷、畜牧場設計與管理、畜禽飼養管理、繁殖改良、畜禽常見病診治及疫病防制等一線崗位工作需要的高素質技能型人才。
主要課程：《動物解剖生理》、《動物營養與飼料加工》、《動物繁育技術》、《獸醫基礎》、《動物疾病診斷技術》、《養牛與牛病防治》、《養羊與羊病防治》、《養豬與豬病防治》、《養禽與禽病防治》、《經濟動物養殖與疫病防治》、《養殖場經營管理》等。
實踐環節：利用校內實訓室、生產性實訓基地及建立在省內外的34個穩定的實習就業基地完成飼料的加工調制、飼料配方設計、飼料營養成分分析、動物人工授精技術及胚胎移植技術、奶（肉）牛的伺養管理、繁殖及肥育技術、羊的飼養管理、繁殖及肥育技術、豬的飼養管理、繁殖及商品豬肥育技術、雞的孵化及飼養管理技術、畜禽普通病診治技術及疫病防制技術等技能訓練。《三江一力班》頂崗實習定向在青海三江一力農業有限公司進行。
就業面向：畢業生可在畜禽養殖場、飼料加工與銷售企業、基層畜牧獸醫站、畜牧技術推廣部門、動物疫病防控中心、動物疫病檢疫站等部門就業，也可自主創業辦養殖企業。《三江一力班》經過雙向選擇，直接進入青海三江一力農業有限公司就業。
水產養殖技術專業(專業代碼510401)
人才培養目標：本專業主要培養具備水產養殖技術專業的基本理論、基本知識和實際操作技能，具有較高的職業素質和良好的職業道德，具備魚餌料配制、水產品加工及營銷、魚塘設計與管理、魚類飼養管理、魚類孵化繁殖、魚常見病診治及疫病防制等一線崗位工作需要的高素質技能型人才。
主要課程：開設《水化學》、《魚類學》、《水生生物學》、《水產動物營養與飼料》、《池塘養魚技術》、《特種水產養殖技術》、《水生觀賞動物養殖技術》、《水產品加工技術》、《大型內陸水域增養殖學》、《水產動物疾病防治技術》。
實踐環節：利用校內外實訓室、生產性實訓基地，完成魚餌料的加工調制、、魚類孵化繁殖、池塘養魚、水庫網箱養殖、特種水產動物養殖、水產品加工與產品營銷、魚病防制技術等的技能訓練，《民澤漁業班》頂崗實習可定向到青海民澤龍羊峽生態水殖有限公司進行頂崗實習。
就業面向：畢業生可在漁政站、漁業環境監測站、漁場、水庫、水產品加工廠、水產品銷售公司、水產品工貿公司、動物檢疫站、漁業捕撈公司、環保站、餌料企業及水產養殖專業戶、自創實業及其他水產養殖生產、管理和經營工作。《民澤漁業班》經過雙向選擇，可定向到青海民澤龍羊峽生態水殖有限公司就業。
動物科學與技術專業（專業代碼510351）
人才培養目標：本專業培養具備動物生產方面的基本理論、基本知識和基本技能和較強職業能力；能從事動物生產技術指導、管理等工作的高等技術應用型專門人才。
主要專業課程：物繁育技術、營養基礎與飼料分析加工技術、養羊技術、養牛技術、獸醫防治技術、養豬技術、動物侵襲病防治技術、家禽生產技術、動物產品加工技術、經濟動物飼養技術、水產養殖技術、生物統計附試驗設計等。
就業面向：畢業生可在漁政站、漁業環境監測站、漁場、水庫、水產品加工廠、水產品銷售公司、水產品工貿公司、動物檢疫站、漁業捕撈公司、環保站、餌料企業及水產養殖專業戶、自創實業及其他水產養殖生產、管理和經營工作。
農畜特產品加工專業（畜產品加工專業方向）（專業代碼610306）
人才培養目標：培養擁護黨的基本路線，適應畜禽產品加工行業生產、管理和服務第一線需要的，德、智、體、美等方面全面發展的高素質技能型人才；學生應在具有必備的專業基礎理論知識的基礎上，重點掌握從事食品生產、加工、營銷工作的基本知識和基本技能，具有良好的職業道德和敬業精神。
主要專業課程：食品化學與分析技術、食品微生物、食品營養與衛生、食品機械與設備、食品加工工藝技術、食品包裝技術、食品保鮮技術、乳品加工與檢測技術、肉品加工與檢測技術、蛋品加工技術、畜產品衛生檢驗技術、畜牧獸醫概論、畜禽副產品開發利用技術等。
就業面向：畢業生可在畜禽養殖場、肉聯廠、乳品廠、動物產品加工與銷售公司、動物產品安全生產與檢測部門、基層畜牧獸醫站、畜產品加工技術推廣部門等部門就業，也可自主創業辦畜產品加工企業。
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