吉林醫藥學院原為中國人民解放軍第四軍醫大學吉林軍醫學院。學校創建于1952年，曾是一所具有光輝歷史和優良傳統的軍隊醫學院校。2004年8月，經國務院、中央軍委批準，學校由軍隊整體移交吉林省，納入國家公辦普通高校序列，面向全國招生，是吉林省唯一獨立設置的西醫本科院校。
學校坐落在中國魅力城市、北國霧凇之都—吉林省吉林市，是國家綠化模范單位。學校占地面積52.6萬平方米，建筑面積26.6萬平方米，固定資產總值7.9億元。學校擁有一流的教學設施，有2.4萬平方米的圖書館及5萬平方米的實驗大樓，所有教室均可實施現代化多媒體教學，能同時容納1萬名學生上課。學校目前全日制在校生8705人，其中本科生7191人。
學校設有9個教學單位（基礎醫學院、人文社會科學學院、藥學院、護理學院、檢驗學院、公共衛生學院、口腔影像系、軍事體育教學部、臨床醫學院）；3個直屬單位（圖書館、信息中心、校醫院）；1所直屬附屬醫院，5所非直屬附屬醫院。
學校現開設17個本科專業及專業方向，涵蓋醫、理、工、管4個學科門類：臨床醫學、醫學影像學、預防醫學、護理學、藥學、藥學（臨床藥學）、藥物制劑、食品衛生與營養學、醫學影像技術、醫學檢驗技術、生物技術、應用心理學（醫學心理學）、生物醫學工程、食品質量與安全、信息管理與信息系統、市場營銷（醫藥營銷）、公共事業管理（衛生事業管理）；專科專業6個：臨床醫學、口腔醫學、藥學、護理、醫學影像技術、醫學檢驗技術。學校現有國家特色專業建設點1個，省特色專業4個，省優秀教學團隊5個，省實驗教學示范中心2個，國家精品課1門，省精品課14門；省優秀課31門。省高校“十二五”優勢特色重點學科2個，省高校重點實驗室1個，省衛生廳重點實驗室2個，省中醫藥科研實驗室6個。學校是省解剖學會、省微量元素科學研究學會理事長單位，省心理學會副理事長單位，省科學社會主義學會副會長單位，有24人擔任國家二級學會理事和常務理事。主編國家級規劃教材5部，是臨床醫學（生殖醫學）規劃教材評審委員會主任委員單位。獲全國高校醫藥教材評比一等獎1項，省高校優秀教材獎8項。
學校現有專任教師568人，其中碩士及以上學位教師352人，有32人受聘博士、碩士研究生導師。新世紀百千萬人才工程國家級人選1人，享受國務院政府特殊津貼1人，教育部新世紀優秀人才支持計劃人選1人，省有突出貢獻中青年專業技術人才1人，省拔尖創新人才3人，省教學名師2人，省優秀教師1人，省教育系統師德先進個人3人，省高校大學生思想政治教育先進個人1人。
學校重視科學研究，近三年，承擔國家“十二五”科技重大專項——新藥創制項目1項，國家自然科學基金項目7項，省級項目127項，其中重大科技項目1項，重點項目23項；獲省科技進步獎5項，國家發明專利6項。
學校直屬附屬醫院占地7.8萬平方米，建筑面積7.6萬平方米，資產總值3.1億元。婦產科、口腔科為省重點專科，內科、外科、婦產科等8個專科為省住院醫師規范化培訓基地，腔鏡治療科、疼痛科為吉林市重點建設專科。擁有核磁共振等大中型醫療設備800臺（件）。
當前，面對高等教育大發展的新機遇、新挑戰，全校師生正以時不我待的責任感和緊迫感，發揚“博學厚德，扶傷濟世”的校訓精神，不斷拓展辦學的新領域、新層次、新空間，為把學校建設成為在吉林省有較大影響、東北地區有一定知名度的醫藥院校而不懈奮斗。
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