| 學院 | 基本信息 | 2012年總計劃數 | 福建省內計劃數 | |||
| 預設專業 | 科類 | 授予學位 | 學制 | |||
| 中醫學院 | 七年制中醫學 | 理科 | 醫學 | 7 | 195 | 195 |
| 文科 | 醫學 | 7 | 195 | 195 | ||
| 中醫學 | 理科 | 醫學 | 5 | 120 | 80 | |
| 文科 | 醫學 | 5 | 120 | 80 | ||
| 針灸學院 | 針灸推拿學 | 理科 | 醫學 | 5 | 75 | 55 |
| 文科 | 醫學 | 5 | 75 | 55 | ||
| 藥學院 | 中藥學 | 理科 | 醫學 | 4 | 60 | 35 |
| 藥學 | 理科 | 理學 | 4 | 120 | 80 | |
| 藥物制劑 | 理科 | 工學 | 4 | 60 | 45 | |
| 市場營銷（藥品營銷方向） | 理科 | 管理學 | 4 | 30 | 20 | |
| 文科 | 管理學 | 4 | 30 | 20 | ||
| 中西醫結合學院 | 中西醫臨床醫學 | 理科 | 醫學 | 5 | 60 | 45 |
| 臨床醫學 | 理科 | 醫學 | 5 | 490 | 355 | |
| 臨床醫學（定向） | 理科 | 醫學 | 5 | 30 | 30 | |
| 管理學院 | 公共事業管理（衛生管理方向） | 理科 | 管理學 | 4 | 25 | 15 |
| 文科 | 管理學 | 4 | 20 | 10 | ||
| 公共事業管理（醫事法律方向） | 理科 | 醫學 | 5 | 30 | 15 | |
| 文科 | 醫學 | 5 | 30 | 15 | ||
| 信息管理與信息系統（醫學信息方向） | 理科 | 管理學 | 4 | 45 | 30 | |
| 護理學院 | 護理學 | 理科 | 醫學 | 4 | 120 | 60 |
| 文科 | 醫學 | 4 | 120 | 70 | ||
| 康復醫學院 | 康復治療學（物理治療方向） | 理科 | 理學 | 4 | 60 | 40 |
| 文科 | 理學 | 4 | 30 | 20 | ||
| 康復治療學（作業治療方向） | 理科 | 理學 | 4 | 40 | 25 | |
| 文科 | 理學 | 4 | 20 | 15 | ||
| 閩臺合作項目 | 食品科學與工程（閩臺合作項目） | 理科 | 工學 | 4 | 50 | 50 |
| 醫學影像學（閩臺合作項目） | 理科 | 理學 | 4 | 50 | 50 | |
| 總人數 | 2300 | 1705 | ||||
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