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皖南醫學院基礎醫學院的前身是基礎醫學部（簡稱基礎部），始建于1986年，2013年4月更名為基礎醫學院。

目前，學院擁有12個教研室（人體解剖學、組織學與胚胎學、生理學、生物化學、病理解剖學、病理生理學、微生物學與免疫學、寄生蟲學、藥理學、醫學生物學、醫用物理學、醫用基礎化學）、2個實驗教學中心（機能學實驗中心、形態學實驗中心）、6個科學研究機構（定量藥理研究所、蛇毒蛇傷研究所、醫學遺傳研究室、發育生物學研究室、醫學蜱螨研究所、優生優育研究室）、1個一級學科碩士學位授予點（基礎醫學）、7個二級學科碩士學位授予點（藥理學、病理學與病理生理學、病原生物學、生物化學與分子生物學、中西醫結合基礎、免疫學、人體解剖與組織胚胎學）、7個省精品課程（病理生理學、醫學免疫學、醫學微生物學、藥理學、人體解剖學、人體寄生蟲學、生物化學與分子生物學）、1個省級重點學科（病原生物學）、4個校級重點學科（病原生物學、病理生理學、醫學免疫學、藥理學）、1個國家中醫藥管理局三級實驗室（中藥藥理實驗室）、2個省級實驗教學示范中心（機能實驗中心、病原生物學實驗中心）、3個省級教學團隊（藥學教學團隊、人體寄生蟲學團隊、醫學免疫學教學團隊）。

學院現有教職工147人，其中專任教師116人；教授、副教授57人、講師45人；全國優秀教師2人、省教學名師1人、省模范教師2人、省級教壇新秀5人；具有博士31人，碩士80人，碩士以上學歷者占教師總數75.51%。承擔著全校各專業層次包括碩士研究生、本?？粕碚摵蛯嵺`教學任務。

近30年來，學院在校黨政領導的關心和支持下，一直堅持以教學質量為核心，嚴謹治學，為培養社會需要的高層次醫學人才作出了積極的貢獻。

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