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乙腦是人畜共患的自然疫源性疾病。人和動物感染乙腦病毒后，可發生病毒血癥，成為傳染源。其中豬是乙腦主要傳染源及中間宿主。蚊蟲是乙腦主要傳播媒介。流行區的小兒為易感人群，非流行區任何年齡人群均對本病易感，以隱性感染最為常見，感染后可獲持久免疫力。
病人多為10歲以下小兒。夏秋季流行，呈高度散發性，與氣溫、雨量和蚊蟲滋生密度高峰有關。
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