不論是原核還是真核生物，在細胞漿內合成的蛋白質需定位于細胞特定的區域，有些蛋白質合成后要分泌到細胞外，這些蛋白質叫做分必蛋白。在細菌細胞內起作用的蛋白質一般靠擴散作用而分布到它們的目的地。如內膜含有參與能量代謝和營養物質轉運的蛋白質;外膜含有促進離子和營養物質進入細胞的蛋白質;在內膜與外膜之間的間隙稱為周質，其中含有各種水解酶以及營養物質結合蛋白。
真核生物細胞結構更為復雜，而且有多種不同的細胞器，它們又具有各不相同的膜結構，因此合成好的蛋白質還要面臨跨越不同的膜而到達細胞器械，有些蛋白質在翻譯完成后還要經過多種共價修飾，這個過程叫做翻譯后處理。
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