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當前，我國科技發展還存在著一些體制和機制性障礙。新時期國家科技工作將圍繞全面推進國家創新體系建設這一總目標，進一步深化科技體制改革，為推進自主創新奠定良好的制度基礎。

一、建設以企業為主體、產學研有機結合的技術創新體系。多年來，我國科技和經濟體制都已發生了深刻變革。從產業技術進步方面來看，主要奉行“以市場換技術”的策略，依靠從國外引進技術。從科技創新活動方面來看，科技的改革和發展主要是在科技系統內部完成的，沒有完全走出自身的小循環。在實踐中表現為發展戰略與具體行為脫節、科技政策與經濟政策脫節、研究開發與產業發展脫節、科研不能充分體現市場的需求、引進與消化吸收再創新脫節等。要從根本上解決問題，必須把建立以企業為主體、產學研有機結合的技術創新體系作為國家創新體系建設的突破口，使科技創新真正進入經濟發展的大循環之中。這是促進國家科技發展的一項重大措施。

二、建設科學技術研究和高等教育緊密結合的知識創新體系。科研院所和大學是產生新知識、新思想的沃土，是孕育優秀創新人才的搖籃。我們要加快建設科學研究與高等教育有機結合的知識創新體系；以建立開放、流動、競爭、協作的運行機制為中心，促進科研機構之間、科研機構與高校之間的結合和資源集成；加強社會公益科研體系建設；發展研究型大學；努力形成一批高水平的、資源共享的基礎科學和前沿高技術研究基地。

三、建設軍民結合、寓軍于民的國防科技創新體系。從當今世界科學技術發展趨勢看，軍、民技術日趨融合，高新技術兩用化的特征越來越明顯。有關統計資料表明，國外軍事裝備技術中85％采用的是民用技術，純軍事技術只占15％。建立軍民結合、寓軍于民的創新體制，已經成為世界上主要國家共同的政策取向。為此，我們要建立軍民結合的新的科技管理體制，促進軍民科技的緊密結合。

四、建設科學的科技決策與協調機制。根據全球化競爭和科技進步不斷加快的特點，未來加強科技宏觀管理，重點是要強化國家科技發展的總體部署和宏觀管理，切實加強對重大科技政策制定、科技經費預算、重大科技計劃和科技基礎設施建設的統籌協調；要確立科技政策作為國家公共政策的基礎地位，實現國家科技政策與經濟政策的協調互動；要建立國家科技宏觀協調機制，建立和完善適應科學研究規律和科技工作特點的經費管理制度，逐步建立財政科技經費的預算績效評價體系，提高財政資金使用的規范性、安全性和有效性。